En 1518 el capitán español Juan de Grijalva arriba al islote que llamó San Juan de Ulúa. La Villa Rica de la Vera Cruz fue fundada por el conquistador español Hernán Cortés, por Francisco de Montejo y Alonso Hernández de Portocarrero, el 22 de abril de 1519 en las playas que se encontraban frente al islote de San Juan de Ulúa, llamadas Chalchihuecan; fundando el 10 de julio de 1519 como Villa Rica de la Vera Cruz lo que se convirtió en el Primer Ayuntamiento de América continental y la Primera Ciudad fundada por europeos en toda América Continental. Sus primeros alcaldes fueron Francisco de Montejo y Alonso Hernández de Portocarrero.
El Emperador Carlos I de España, otorga mediante Real Cédula el escudo de armas a la Villa Rica de la Vera Cruz el 14 de julio de 1523. En 1524, Veracruz volvió a cambiar de asentamientos hacia donde hoy se encuentraLa Antigua, a orillas del río Huitzilapan; hasta 1599, el rey Felipe II de España decretó que Veracruz fuese transferida de la Antigua a su primitivo y actual lugar de origen. En 1535 arriba Antonio de Mendoza, primer virrey de la Nueva España. Durante los tres siglos de la colonia española la ciudad de Veracruz fue escenario de diversos acontecimientos entre los que destacan: los ataques de los Piratas que infestaban los mares en 1568. Durante la colonia la ciudad fue de gran importancia ya que era lugar de partida para las naves que iban a Españacargadas de oro, tesoros y de mercancías en la denominada Carrera de Indias, lo cual le valió para ser atacada en varias ocasiones por piratas. Para repeler los ataques, la ciudad fue amurallada y se construyeron una serie de fuertes y baluartes, destacándose el Fuerte de San Juan de Ulúa, construido en 1590.
Desde 1607 el Puerto de Veracruz adquirió el título de Ciudad, confirmado en 1640 por el Rey Felipe III siendo una de las ciudades más antiguas de México.